Ciężko doradzić, skoro programu nikt nie będzie używał, a od spraw księgowych chcesz być daleko.
Ale od początku: Jeżeli wydajesz coś z magazynu (WZ) to tam nie ma podatku, WZ nie jest dokumentem księgowym (poza wyjątkami), na podstawie WZ generujesz fakturę w której dopiero obliczasz VAT.
I teraz najlepsze VAT można policzyć na 3 sposoby (http://ksiegowosc.infor.pl/po[...]AT-podawanej-na-fakturze.html)...